SMP Pangudi Luhur Moyudan berdiri pada tanggal 1 Januari 1967. Mula-mula bernama SMP Santo Paulus Kaliduren yang bernaung pada Yayasan Pendidikan Santo Paulus yang bertempat di Paroki Sedayu. Untuk sementara, sebagai ruang kelasnya menempati gedung SD Kanisius Kaliduren yang sekarang menjadi Kapel Kaliduren.

Para pendirinya adalah tokoh-tokoh pemuda Katolik Moyudan Paroki Klepu dan Sedayu. Atas kesepakatan para pendiri tersebut, A.Y. Sardjana dipercaya sebagai Kepala sekolahnya.

Tujuan didirikannya SMP St. Paulus Kaliduren tersebut adalah :

1. Ikut membantu pemerintah dalam mencerdaskan bangsa, khususnya warga lingkungan Paroki Klepu dan Sedayu yang waktu itu banyak anak-anak SD baik yang lulus maupun yang tidak lulus, tidak mendapat sekolah.
2. Untuk mewujudkan peran serta pemuda Katolik dalam bidang pendidikan.

Atas kegigihan dan keuletan para pendiri tersebut dan atas swadaya dengan berbagai cara, antara lain mencari donatur, menggarap sawah milik tokoh-tokoh katolik, mereka dapat mengumpulkan dana yang hasilnya dibelanjakan untuk melengkapi sarana dan prasarana sekolah.

Selama satu tahun, Kepala Sekolah dan para guru penuh pengabdian, mengajar tanpa mendapatkan gaji/upah. Meskipun mengajar tanpa imbalan, tidak mengurangi semangat mereka untuk eksistensinya sekolah tersebut.

Mulai tanggal 1 Januari 1968 SMP St. Paulus Kaliduren diserahterimakan ke dalam asuhan Yayasan Pangudi Luhur dengan nama SMP Pangudi Luhur Kaliduren dan menjadi filial SMP Pangudi Luhur Sedayu. Sejak saat itu mulai diangkat guru-guru tetap Yayasan Pangudi Luhur.

Mulai Mei 1981 SMP PL Kaliduren menempati gedung baru yang dibangun Yayasan yaitu di Dusun Mergan, Kelurahan Sumberagung, Kecamatan Moyudan, Kabupaten Sleman. Mulai 1 Juli 1983 SMP PL Kaliduren lepas dari filial SMP PL Sedayu dengan nama SMP Pangudi Luhur Kaliduren dan sekarang bernama SMP Pangudi Luhur Moyudan.